政大機構典藏-National Chengchi University Institutional Repository(NCCUR):Item 140.119/33925
English  |  正體中文  |  简体中文  |  Post-Print筆數 : 27 |  全文笔数/总笔数 : 113324/144300 (79%)
造访人次 : 51139861      在线人数 : 930
RC Version 6.0 © Powered By DSPACE, MIT. Enhanced by NTU Library IR team.
搜寻范围 查询小技巧：
  • 您可在西文检索词汇前后加上"双引号"，以获取较精准的检索结果
  • 若欲以作者姓名搜寻，建议至进阶搜寻限定作者字段，可获得较完整数据
    •  进阶搜寻
    政大機構典藏 > 商學院 > 統計學系 > 學位論文 >  Item 140.119/33925


    请使用永久网址来引用或连结此文件: https://nccur.lib.nccu.edu.tw/handle/140.119/33925


    题名: 蛋白質質譜儀資料之峰偵測探討
    On Peak Detection of Proteomic Mass Spectrum Data
    作者: 楊智凱
    Yang,Zhi Kai
    贡献者: 郭訓志
    楊智凱
    Yang,Zhi Kai
    关键词: 介質輔助雷射脫附離子化/飛行時間質譜
    事前處理
    峰偵測
    連續型小波轉換
    訊號雜訊比
    日期: 2007
    上传时间: 2009-09-17 18:49:25 (UTC+8)
    摘要: 介質輔助雷射脫附離子化/飛行時間質譜 (Matrix-assisted Laser Desorption Ionization/ Time-of-Flight –Mass Spectrum, MALDI-TOF-MS)，是種屬於高維度的蛋白質質譜儀資料，主要是用來偵測蛋白質分子的表現，而這項技術的原理，是先將蛋白質與介質混合，再利用雷射將蛋白質分子打碎，分散出帶電荷的離子，接著運用離子飛行時間的偵測，最後掃描出質譜圖形，圖形上有兩個重要變數，分別為:質量電荷比(Mass to Charge Ratio, m/z)以及強度(Intensity)，我們希望利用這些質譜資料，研究出臨床上癌症病人以及正常人的質譜資料差異，藉由找出質譜資料的生物標記，來作為判斷是否為癌症患者的依據。但是由於MALDI的技術上的限制，導致掃描出來的質譜資料往往存在著雜訊以及誤差，這時候，事前處理(Preprocessing)步驟，就顯的格外重要。生物學家認為，蛋白質質譜資料，其表現異常的蛋白質，會顯現在質譜圖的峰上面，因此在維度如此龐大的質譜資料中，如果將分析重點著重在這些峰上面，可以簡化我們事後的分析，因此在分析質譜資料的流程中，事前處理步驟的峰偵測，便成為了一個很重要的環節。Du, Kibbe以及Lin在2006年的文獻中提到，使用連續型小波轉換(Continuous Wavelet Transform, CWT)的方法來進行峰偵測，可以改善我們使用傳統峰偵測方法所產生的誤差，因此本文將CWT峰偵測方法，與傳統峰偵測方法，對已知峰正確位置的MALDI質譜資料進行分析，結果發現在不同訊號雜訊比(Signal to Noise Ratio, SNR)下，CWT峰偵測方法的敏感度(Sensitivity)都比傳統峰偵測方法來的高，且誤判率(False Discovery Rate, FDR)也都較傳統峰偵測方法低，因此就本文所使用的模擬資料，CWT峰偵測確實是一個較佳的峰偵測方法。
    參考文獻: J. Morris, K. Coombes, J. Koomen, K. Baggerly, and R. Kobayashi. (2005a) Understanding the characteristics of mass spectrometry data through the use of simulation. Cancer Informatics , 1(1) 41-52.
    J. Morris, K. Coombes, J. Koomen, K. Baggerly, and R. Kobayashi. (2005b) Feature extraction and quantification for mass spectrometry in biomedical applications using the mean spectrum. Bioinformatics, 21(9):1764–1775.
    J. Prados, A. Kalousis, M. Hilario. (2006) On Preprocessing of SELDI-MS Data and its Evaluation. IEEE, CBMS: 953-958.
    K. Coombes, S. Tsavachidis, J. Morris, K. Baggerly, M. C. Hung and H. M. Kuerer.(2005) Improved peak detection and quantification of mass spectrometry data acquired from surface-enhanced laser desorption and ionization by denoising spectra with the undecimated discrete wavelet transform. Proteomics, 5, 4107-4117.
    L. Eva, G. Clemens, R. Knut, K. Oliver, and H. Andreas. (2006) High accuracy peakpicking of proteomics data using wavelet techniques. Biocomputing, 11, 243–254.
    P. Du, W. A. Kibbe and S. M. Lin. (2006) Improved Peak Detection in Mass Spectrum by Incorporating Continuous Wavelet Transform-based Pattern Matching.
    Bioinformatics, 22(17), 2059-2065.
    P. H. Guzzi, T. Mazza, and G. Tradigo. (2005) Preprocessing of mass spectrometry proteomics data on the grid. IEEE, 18, 49–554.
    R. Stolt, R. Torgrip, J. Lindberg, L. Csenki, J. Kolmert, I. S. Koistinen, and S. P. Jacobsson. (2006) Second-Order Peak Detection for Multicomponent High-Resolution LC/MS Data. Analytical Chemistry, 78(4), 975-983
    Y. Pawitan, S. Michiels, S. Koscielny, A. Gusnanto, and A. Ploner. (2005) False discovery rate, sensitivity and sample size for microarray studies. Bioinformatics, 21(13), 3017-3024.
    葉勝宗. (2006) An AUC Criterion Approach for Feature Selection on Classifying Proteomic Spectra Data, 政大統計碩士論文。
    黃仁澤(2005) 對於高維度資料進行特徵選取-應用於分類蛋白質質譜儀資料,
    政大統計碩士論文。
    陳聰百(2006) Analysis of high-resolution protein mass spectra based on peak feature selection,中央大學統計碩士論文。
    廖寶琦(2003) Matrix-assisted Laser Desorption Ionization, MALDI. 成大環境醫學碩士論文。
    簡志清,潘茘錞,蔡志彥(2003) 蛋白質體學在臨床醫學之應用。化工資訊與商情， 第三期。
    賴基銘(2004) SELDI血清蛋白指紋圖譜的應用。國家衛生研究所電子報，第52期。
    描述: 碩士
    國立政治大學
    統計研究所
    94354024
    96
    資料來源: http://thesis.lib.nccu.edu.tw/record/#G0943540241
    数据类型: thesis
    显示于类别:[統計學系] 學位論文

    文件中的档案:

    档案 描述 大小格式浏览次数
    024101.pdf137KbAdobe PDF2732检视/开启
    024102.pdf138KbAdobe PDF2998检视/开启
    024103.pdf139KbAdobe PDF2782检视/开启
    024104.pdf152KbAdobe PDF2864检视/开启
    024105.pdf142KbAdobe PDF21348检视/开启
    024106.pdf913KbAdobe PDF29160检视/开启
    024107.pdf139KbAdobe PDF21079检视/开启
    024108.pdf264KbAdobe PDF22164检视/开启
    024109.pdf185KbAdobe PDF21033检视/开启
    024110.pdf67KbAdobe PDF2811检视/开启
    024111.pdf91KbAdobe PDF2891检视/开启
    024112.pdf69KbAdobe PDF2741检视/开启


    在政大典藏中所有的数据项都受到原著作权保护.


    社群 sharing

    著作權政策宣告 Copyright Announcement
    1.本網站之數位內容為國立政治大學所收錄之機構典藏，無償提供學術研究與公眾教育等公益性使用，惟仍請適度，合理使用本網站之內容，以尊重著作權人之權益。商業上之利用，則請先取得著作權人之授權。
    The digital content of this website is part of National Chengchi University Institutional Repository. It provides free access to academic research and public education for non-commercial use. Please utilize it in a proper and reasonable manner and respect the rights of copyright owners. For commercial use, please obtain authorization from the copyright owner in advance.

    2.本網站之製作，已盡力防止侵害著作權人之權益，如仍發現本網站之數位內容有侵害著作權人權益情事者，請權利人通知本網站維護人員(nccur@nccu.edu.tw)，維護人員將立即採取移除該數位著作等補救措施。
    NCCU Institutional Repository is made to protect the interests of copyright owners. If you believe that any material on the website infringes copyright, please contact our staff(nccur@nccu.edu.tw). We will remove the work from the repository and investigate your claim.
    DSpace Software Copyright © 2002-2004  MIT &  Hewlett-Packard  /   Enhanced by   NTU Library IR team Copyright ©   - 回馈